A Adobe acrescentou novas e impressionantes possibilidades de animação ao After Effects CS3 Professional. Novas ferramentas na barra cronológica, verdadeira animação 3D de elementos de texto e uma mais profunda integração com o Adobe Photoshop CS3 Extended e o Flash CS3 Professional tudo na mesma embalagem. Esta versão oferece um processo mais fácil de exportação e importação e conserva mais informação dos layers e dos efeitos entre o After Effects CS3 Profissional e outros programas da suite CS3.
A nova ferramenta Shape Layers do Adobe After Effects CS3 Profissional inclui não apenas os básicos rectângulo e elipse mas ainda polígonos vectoriais escaláveis e estrelas multiponto que podem ser modificadas e sobrepostas para criar animações de uma forma que nunca antes foi possível. É possível modificar e animar as formas e os seus componentes, incluindo pinceladas, enchimentos, gradientes, etc. Estes layers podem ser uma forma - escolhida de entre um grupo de diferentes formas -  cuja animação afecta todas s formas desse layer. E o texto pode agora ser convertido, igualmente, para Shape Layer e moldar caracteres individuais em 3D (também chamados Z-space) por meio dos animadores.

A nova ferramenta Puppet do After Effects CS3 Profissional é potente e intuitiva, conferindo a capacidade de pegar num layer de imagem não vectorial e animá-lo esticando e dobrando partes das personagens. É uma ferramenta notável, que pode sobrepor o seu efeito de forma autónoma a outras áreas do layer.

A nova ferramenta Brainstorm ajuda a evitar os impasses criativos. Se seleccionar várias propriedades de layers e efeitos e em seguida clicar no botão Brainstorm o programa mostrará uma série de opções de tamanho, forma, cor ou movimento que poderá, depois, refinar ou modificar. O Adobe After Effects e o Photoshop nunca antes tinham estado tão bem integrados como nesta suite de produção de vídeo. Com os seus layers estilo Photoshop, os layers de vídeo PSD editáveis e as cenas 3D Vanishing Point o trabalho entre as duas aplicações é ágil e eficiente. Muitos dos efeitos do Photoshop podem ser animados na barra cronológica do After Effects.